Enrique Flores nació en Huitzo, una localidad ubicada en el Valle Central de Oaxaca. Hizo estudios en la UABJO y en su intento por ingresar a "La Esmeralda" del INBA conoció a Rodolfo Morales y Rufino Tamayo que lo instaron a integrarse al recién formado Taller Rufino Tamayo. El Maestro Flores pertenece a la primera generación de ese prestigiado taller, que definió gran parte del discurso visual que domino la estética oaxaqueña de las últimas décadas.
Desde 1995 fundó su reconocido taller, convirtiendo su trabajo en un referente de la gráfica y uno de los más importantes editores de obra en el país. Ha realizado un gran número de exposiciones individuales en el extranjero, en los Estados Unidos en California, Chicago, Filadelfia, en países como Alemania y Canadá. En el 2018 la historiadora Deborah Caplow lo incluyó al lado de Toledo, Tamayo, Rodolfo Morales, Rodolfo Nieto y Sergio Hernandes, dentro del ciclo de exposiciones "Maestros Oaxaqueños".
La obra de Enrique Flores forma parte de colecciones como la del Museum of Art de la Universidad de Arizona, Nelsol Center for the Arts, KLM Royal Ducht y de Airlines, Heineken Corporation.
